wkyInstallerシリーズは簡単インストールの際に属性（パーミッション）はデフォルトでディレクトリは777、ファイルは666(wkyconcrete5は755と644)になっております。これの値を事前に自分で設定することができます。
いったん画面の入力項目にすべての情報を入力後にメニューのファイルから名前をつけて保存を選び、そのサイト用の設定ファイル（iniファイル）を保存します。次に、その名前を付けて保存したiniファイルを開いて、[FTP]セクションにchmod_dirとchmod_fileを追加することで設定可能です。
あとはメニューのファイルから開くで設定追加したiniファイルを読みこめば設定した値で属性（パーミッション）が設定されます。

例：属性（パーミッション）をディレクトリを757にファイルを646にする設定。
※[FTP]セクションにある他の情報は消さないでくさだい

[FTP]
chmod_dir=757
chmod_file=646

例：属性（パーミッション）をディレクトリを777にファイルを666にする設定。
※[FTP]セクションにある他の情報は消さないでくさだい

[FTP]
chmod_dir=777
chmod_file=666